1.操作便捷度不同 公众号需要用户扫码关注，点击自定义菜单，才能进入对应页面；小程序的操作比较简单，直接扫码或点击打开，即可进入。
2.定位不同 从在微信生态中的定位来看，公众号是内容生产工具，服务于内容营销与信息传递；而小程序则是主要面向产品与服务的。
3.开发技术不同 公众号大部分是基于HTML5开发的，这不可避免地带来了一些延时；而小程序是基于微信自身语言开发的，前端框架和样式都存储于微信云端，只是调用数据在后端，所以打开速度很快，更能提供类APP似的流畅体验。
4.应用场景不同 公众号的应用场景主要是线上，而小程序则是线上和线下结合，因为它有"附近的小程序"功能，周围半径5公里范围内自动展现。
5.展现入口不同 公众号虽然已面世5、6年了，但入口比较少；而新兴的小程序目前已有了多达50个入口，包括微信搜索、分享到群、公众号自定义菜单、公众号文章插入、附近的小程序等。
总的来说，
微信公众号适合内容创作者，可以用来展示信息或发布资讯；微信小程序则更适合想要实现在线交易的商家。
当然，这两者并不是完全独立开来的，它们互为替补关系，您可以将两者相结合 （比如在公众号介绍页中关联小程序、在公众号菜单栏添加小程序链接、在公众号文章中插入小程序） ，以收获更多用户、更高销售额。
